Stéphane Rials a été membre, à partir de 1980, puis Directeur, de 1993 à 1998, du Centre de philosophie du droit de Paris II (CNRS, Unité de recherche associée 956). Puis il a fondé en 1998 et présidé jusqu'à la fin de 2006 l’Institut Michel Villey pour la Culture juridique et la Philosophie du droit (toujours à Paris II).

Il a fondé en 2007 Dogma. Institut pour l’étude des disciplines dogmatiques et l’histoire générale des formes qu'il dirige. Cette création a d'abord été rendue possible par la dotation personnelle dont il a eu la disposition dans le cadre de sa chaire « Interprétation et droit » de l’Institut universitaire de France, puis grâce à l'aide de l’Institut Cujas et à l'appui du Président et du Conseil scientifique de l'Université Paris 2.

De 2008 à 2011 il a présidé l’Institut Cujas. Fédération pour la recherche en droit public interne et en science politique de l’Université Paris II.

Il a fondé en 1984 la Société pour l’histoire des Facultés de droit et de la Science juridique dont il a été le secrétaire général de 1984 à 1989. Il a été désigné comme président de cette société en 2004, a été réélu à deux reprises à cette fonction, et a démissionné à la fin de 2012, devenant président d'honneur. (La Société est devenue en 2007 Société pour l’histoire des Facultés de droit et de la Culture juridique, du Monde des juristes et du Livre juridique. Elle publie la Revue d'histoire des Facultés de droit et de la Culture juridique, du Monde des juristes et du Livre juridique.)

Il a dirigé, de 1994 à 1996, le Diplôme d’études approfondies de Sociologie du droit de l’Université Paris II. Puis il a dirigé, de 1999 à 2005, le Diplôme d’études approfondies de Philosophie du droit dans le même établissement. Il a fondé en 2005, puis dirigé de la rentrée 2005 à la rentrée 2006, le Master de niveau 2 de Philosophie du droit et de Droit politique de la même université. Il y enseigne toujours et en a repris la direction à l'été de 2013.

Il a été membre du Conseil de l’Ecole doctorale d’Histoire, Philosophie, Sociologie du droit et droit du Procès, à Paris II, depuis sa création jusqu’en 2006 ; il a dirigé cette Ecole de 2004 à 2006. Après avoir été membre de l'Ecole doctorale de Droit public et Science politique de 2007 à 2013, il a préféré regagner l'Ecole d'Histoire, Philosophie, Sociologie.

Il fut membre notamment du premier jury du concours externe de l’Ecole Nationale d'Administration en 1981.

Il a été membre du Conseil scientifique de l'Université Paris II (1988-1993 et de 1997 à 1999 ; réélu en janvier 2005 puis en mars 2008, il en a démissionné en juillet 2011). Membre de la Commission de spécialistes de droit public jusqu’en 1999 (membre élu en 1998 et 1999), membre du Conseil d’U.F.R. de 2e cycle (de 1997 à 2001), puis de 3e cycle (de 2001 à 2011), directeur du Conseil de l'U.F.R. de IIe et IIIe cycles de droit et science politique de Paris II d'avril 2009 à juin 2011, il a aussi été “Expert” près la Direction de la recherche du Ministère de l'Education de 1988 à 1991, et membre de la Commission “Philosophie” du Centre national des Lettres de 1991 à 1993.

Nommé membre du Haut Conseil de l’Education sur la proposition de Monsieur Jean-Louis Debré, alors président de l'Assemblée Nationale, en mars 2007, il a démissionné de cette fonction au début de juin 2007. Il a été conduit à cette démission à la suite de sensibles désaccords de méthode et de fond rendus insolubles du fait d'une divergence d'interprétation entre la majorité des membres et lui-même sur le sens de la procédure légalement instituée pour l'adoption des rapports de ce collège.